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近来，由阿里健康全面负责运营实施的药品电子监管，引发了业内对数据安全和同业竞争的担忧。“两会”期间，全国人大代表、湖南老百姓大药房连锁有限公司董事长谢子龙更是直接将矛头对准了阿里健康。
他公开向国家食药总局建言，立即停止药品电子监管码系统由企业运营的做法，系统交由国家食品药品监督管理总局运营并负责管理，在没有解决信息安全问题之前，停止强制企业向电子监管平台上传数据的做法；并且对现有电子监管体系进行公开招标，寻找运行成本低廉的运行模式，降低电子监管对药品价格的影响；将医疗机构全部纳入药品电子监管体系，实现对药品各个环节监管的全覆盖。
在一些药企看来，阿里健康作为本身参与药品有关经营活动的企业，同时又负责药品电子监管运营实施，这违反了市场公平竞争的原则。反对声音认为，阿里健康能在企业都不知情的情况下清晰地知道药品的买家信息，同时也会通过数据演化出一个盈利模式。
3月20日，阿里健康方面有关负责人向21世纪经济报道记者表态称，阿里健康并非既做裁判又做运动员，阿里健康只是做一个平台。对于业界担忧的数据问题，阿里健康有关负责人向记者表示，具体数据都会储存在云端，全过程都将由国家食药总局进行监管。
根据食药监总局要求，2015年12月31日前，境内药品制剂生产企业、进口药品制药厂商须全部纳入中国药品电子监管网，并完成生产线改造，在药品各级销售包装上加印（贴）统一标识的中国药品电子监管码，并进行数据采集上传，通过中国药品电子监管平台核注核销。
目前基本药物电子监管码体系由马云旗下阿里健康中标筹建，2015年全面实施药品电子监管码后，阿里健康已将药品监管网络基础设施由甲骨文公司的数据库迁移至阿里云平台。
实际上， “药品电子监管网”的数据平台从2006年开始由中信21世纪公司运营。2014年1月，阿里巴巴耗资10亿元人民币控股中信21世纪公司（该公司股票后改名阿里健康）。让医药企业警惕的是，此后不久，阿里健康就推出了相关的互联网产品。
2014年7月，阿里在手机淘宝和支付宝钱包中推出“药品安全计划”；同年11月，“阿里健康”App上线，其中也包括“药品安全识别功能”。
在这些平台上，用户只要扫描药盒上的监管码，就能快速查询到药品用法、禁忌、生产批次及药品流向。药品电子监管相当于药品的“电子身份证”，监管部门希望借此实现药品生产、流通、消费的全程监控。
近日，国家食药总局在接受媒体采访时也强调：药品电子监管码搜集、产生、存储的所有数据、文档、信息和记录，都归该局所有， 任何一方都不能用于商业服务。
也有分析人士认为，阿里健康对药品电子监管进行统筹，这对国家食药监总局来说，此举将能够更详实地掌握药品的流向，是其放心地准许药品网购的一大前提。而有鉴于国家食药监总局药品化妆品监管司副巡视员刘小平去年年底放风称，国家将有望发布关于放开网售处方药新政，在业内专家看来，处方药网售也将因此提速。
此外，业界还存在一些质疑，称为了完成附码、扫描上传等工作，企业投入巨资对硬件系统、软件系统进行升级改造及增加人力成本，从而加大企业负担，最终会使得整个医药行业的运营成本加大，推高终端药品价格。
对此，阿里健康有关负责人向21世纪经济报道记者解释称，目前阿里健康投入了人力财力帮企业解决上诉问题，目标就是增加老百姓对药品的知情权、减少中间流通环节，减轻老百姓用药负担。