这九十回书，以写磨难九九八十一难为主，处处惊心动魄，扣人心弦，是全书的主体。

第九十八回到一百回，是全书的结尾部分，一方面写孙悟空等功成名就，成为佛身，一方面写李世民敬佛崇教，写《圣教序》，办大法会。前者表现的是磨难成才，后者表现的是功德意义，总的方面是凸显取经的意义，经文教化改造劣根性。这是作者的价值取向之一。

如上所述，可以看出《西游记》构思的巧妙，结构的严谨奇伟。三个部分，风头（前七回精彩），猪肚（中间九十回内容丰富厚实），豹尾（最后三回表现有力，旨意鲜明，饶有余音）深得方家之妙。

三个部分，以孙悟空出世、成长、奋斗、成才成功为明显索，这是贯穿全书的主要线索，以阐明佛家教义为暗线，形成了一个有机的整体。从而使之成为一部超越时代的、以艺术形式表现人才成长规律和佛教文化的奇书。